1471- Feodaliseerimise ja mõisastamise käigus muudab Püha Birgitta Ordu Pirita kloostri toiduvarude tootmiseks Viimsi põlisküla mõisa. Küla asub samal kohal kus praegu asub mõisakompleks. Arvatavasti ehitati koheselt toiduvarude hoidmiseks ka praegune Viimsi Peokeskuse hoone ehk siis ait. Samuti kaevati aidahoone ette tiik kalakasvatuse ja jää tootmise eesmärgil. Põhikorrusel hoiti teravilja ning keldris hoiti tiigilt lõigatud jää peal lihakraami ning teisi riknevaid toiduaineid suvi läbi. Klindipealselt avanes vanasti vaade ka Tallinna lahele.
1575- Mõni kuu pärast Pirita kloostri järjekordset rüüstamist venelaste poolt otsustasid kloostri eesseisjad ning rüütelkonna ja Tallinna rae esindajad pantida kloostri valitsejale Dietrich Kauerile kloostrilt saadaoleva 1444 1/2 marga katteks kivist aidahoone koos 2,4 tonni rukki; 2,3 tonni odra ja 2 tonni linnastega. See oli praeguse Viimsi Peokeskuse hoone teadaolev esmamainimine kuigi hoone oli kindlasti olemas ammu enne seda.
Peale Põhjasõda oli Viimsi mõis mitmete omanike käes. 1760-1800 kuulus mõis Karl Magnus von Stenbockile, 1818-74 aga von Buxhoevdenitele. Edaspidi oli mõis Viktor von Maydelli omanduses, kellelt ta 1882. aastal siirdus aga Felix von Schottländerile. Tema oli ka mõisa viimane omanik enne 1919. aasta võõrandamist.

Mõisasüda ehitati esimest korda esinduslikumalt välja arvatavasti 18. sajandil. Sellest ajast pärinevad ka praeguseni säilinud peahoone keskosa müürid. Peale 1865. aasta tulekahju taastati peahoone historitsistlikus stiilis, tehes samas hoone ka otstest senisest tunduvalt pikemaks. Peahoone tagakülg oli suunatud sügava järsaku poole, kust vanasti avanes vaade Tallinna lahele. Praegu varjutavad merevaate suureks kasvanud puud. Iseseisva Eesti Vabariigi ajal kingiti mõis Eesti väejuhile Johan Laidonerile, kellele ta kuulus kuni 1940. aastani.
Teise maailmasõja järgselt kuulus mõisasüda Nõukogude sõjaväele.